Diseño computacional

La computación puede ser de gran ayuda en diferentes fases de los procesos de identificación u optimización de compuestos activos, en áreas tan diversas como farmacia, veterinaria, cosmética, biotecnología, agroquímica, alimentación funcional, etc.

En ProtoQSAR cubrimos toda la paleta de actividades ligadas a la simulación molecular, como docking, cribado virtual, dinámica molecular, etc. Estas actividades pueden subdividirse globalmente en dos tipos, modelización molecular y química-informática, según si el tipo de información de partida para generar los modelos depende de la estructura tridimensional de un receptor o a partir del conocimiento previo de hits o compuestos activos.

Ofrecemos nuestros servicios a entidades que quieran acelerar sus procesos de I+D y reducir los costes de desarrollo. Nuestras metodologías permiten reducir el número de candidatos a adquirir o sintetizar para los consiguientes ensayos biológicos, e identificar compuestos novedosos con perfiles únicos. Nuestra colaboración puede desempeñar además un rol fundamental en áreas en las que las nuevas reglamentaciones limitan extraordinariamente o incluso prohíben directamente los ensayos tradicionales con animales (por ejemplo en cosmética).

Algunas de las líneas en las que trabajamos con regularidad son las siguientes:

• Identificación de nuevos compuestos activos (por ejemplo, identificación de “hits” inhibidores de dianas terapéuticas).
• Reposicionamiento de fármacos para su uso en áreas terapéuticas diferentes a las conocidas.
• Diseño computacional “de novo” de compuestos potencialmente activos, y diseño basado en fragmentos moleculares (“fragment-based design”).
• Identificación de análogos no estructurales (farmacofóricos) de compuestos activos, y por tanto no protegidos por patentes previas.
• Predicción de propiedades farmacocinéticas y toxicológicas (ADME-T, de “Absorción, Distribución, Metabolismo, Excreción y Toxicidad”). Optimización de “leads”.
• Elaboración de hipótesis sobre mecanismos de acción.
• Diseño de quimiotecas focalizadas, es decir librerías de estructuras químicas construidas mediante la selección de los mejores compuestos tras aplicar nuestras metodologías. Aplicando estos modelos a grandes quimiotecas computacionales se pueden obtener colecciones de diversidad química.
• Cribado virtual: evaluación computacional de grandes colecciones de moléculas, para la identificación de aquellas que tienen una mayor probabilidad de ser activas o tener las propiedades fisicoquímicas o farmacocinéticas deseadas.