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Modelización molecular

Las técnicas computacionales basadas en el conocimiento de la estructura tridimensional de un receptor o diana terapéutica que aplicamos en ProtoQSAR son:

HOMOLOGY MODELING

Modelización por homología

Construcción de modelos 3D de dianas terapéuticas a partir de su secuencia aminoacídica y de las secuencias de estructuras tridimensionales determinadas experimentalmente de uno o varias proteínas homólogas relacionadas.

FARMACÓFOROS

Modelización farmacofórica

Los farmacóforos se definen como el conjunto de características estéricas y electrónicas de las moléculas que son necesarias para asegurar las interacciones supramoleculares óptimas con un target biológico específico para activar (o bloquear) una respuesta biológica. En ProtoQSAR desarrollamos hipótesis farmacofóricas basadas en la estructura de ligandos o receptores, y con ellas hacemos un cribado de nuestras bases de datos computacionales de manera a encontrar candidatos con las características químicas que mejor se acoplan a dichas hipótesis.

DOCKING

Acoplamiento molecular 

Determinación computacional de la conformación óptima y la orientación preferidas por una molécula (generalmente una molécula pequeña que se considera candidata) para unirse a una proteína receptora y generar un complejo estable en el que la energía libre del sistema completo se ve minimizada.

SIMULACIÓN COMPUTACIONAL

Dinámica molecular

Simulación computacional de las interacciones moleculares durante cortos periodos de tiempo, que permite tener una visión aproximada del movimiento de proteínas y biomoléculas durante su interacción.

VIRTUAL SCREENING

Cribado virtual

Aplicación de los modelos computacionales (farmacofóricos o de docking) a colecciones de estructuras de moléculas para la identificación de aquellas que tienen una mayor probabilidad de ser activas. Las colecciones moleculares pueden ser de compuestos pertenecientes al cliente, quimiotecas comerciales, o incluso quimiotecas “virtuales” (p. ej. de estructuras novedosas que aún no han sido sintetizadas). En cualquier caso dichas colecciones pueden estar formadas por un número muy variable de estructuras, desde unas pocas decenas hasta miles o millones de ellas, gracias a la rapidez de los análisis computacionales.

Toxicología computacional

Evaluación computacional de todas las propiedades requeridas por las diferentes reglamentaciones vigentes.

Diseño y optimización

"Drug discovery", cribado virtual, reposicionamiento de fármacos, predicción de propiedades ADME-T, etc.

Formación

Cursos de formación sobre la aplicación y desarrollo de nuestras técnicas

Proyectos colaborativos

Participamos en proyectos sobre REACH, biocidas, nanomateriales, disruptores endocrinos, etc.

Preguntas frecuentes

¿ProtoQSAR es una consultoría que propone sus servicios, o vende también software para la realización “in house” de nuestros propios modelos?

ProtoQSAR es una empresa que realiza estudios para sus clientes y colaboradores, no vendemos programas de simulación molecular, ni tampoco nuestros modelos QSAR. Prestamos nuestros servicios a grupos y entidades que en su mayor parte no tienen una formación específica en química-informática y modelización molecular, o es muy limitada, y pensamos que podemos aportar un mayor valor añadido aportando nuestra “expertise”.

¿Cuánto tiempo tarda un cliente en obtener los resultados de su proyecto?

Los proyectos en los que trabajamos son muy distintos entre sí, y previamente a su realización hacemos una evaluación del tiempo que razonablemente podemos tardar en su ejecución. La gran ventaja de los estudios computacionales frente a los ensayos experimentales es que podemos obtener resultados en un plazo muchísimo menor. Así por ejemplo, la predicción del perfil de un compuesto por métodos QSAR es muy rápida (pocos días), dado que ya disponemos de los modelos para su evaluación. El cribado virtual de una base de datos para buscar un candidato frente a un “target” determinado puede representar 1 semana a 2 meses, dependiendo del número de compuestos químicos que se deseen filtrar (unos pocos miles o cientos de miles).

¿Puedo proponer un proyecto colaborativo a ProtoQSAR? ¿Cómo?

En ProtoQSAR estamos muy interesados en el desarrollo de nuevos proyectos colaborativos en los que la química-informática y la modelización molecular puedan aportar un servicio añadido a nuestros colaboradores. Si Vd. tiene alguna idea o propuesta que plantearnos, puede contactar con nosotros explicando su propuesta, y en un plazo muy breve le contestaremos.

¿Cuánto cuestan los servicios de ProtoQSAR? ¿Cómo se estiman los costes?

Los costes varían fundamentalmente en función del tipo de servicio que prestemos y del tiempo que dediquemos. Dado que la computación permite obtener resultados en un tiempo mucho menor que con los ensayos experimentales, nuestros servicios son también mucho más económicos.

Contacta con nosotros y nuestro equipo te asesorará en todo lo que necesites

Estamos aquí para ayudarte. No dudes en ponerte en contacto con nosotros para recibir asesoramiento personalizado y resolver cualquier duda que tengas. Nuestro equipo está disponible para ofrecerte la mejor atención.

Dirección

ProtoQSAR SL - CEEI Valencia

Parque Tecnológico de Valencia

Avda. Benjamin Franklin 12, Desp. 28
46980 Paterna (Valencia)

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