Química-informática
Las técnicas computacionales basadas exclusivamente en el conocimiento
de los compuestos con una determinada actividad, fundamentalmente sus
estructuras químicas, y que nos sirven básicamente para el desarrollo de
modelos quimio-informáticos, son las siguientes:
Llamamos así a valores numéricos asociados a las características estructurales de compuestos químicos, de manera que conjuntos diferentes de estos descriptores codifican información química diferente. En ProtoQSAR podemos calcular más de un millar de estos índices, cubriendo datos estructurales simples (número de átomos, enlaces, anillos, etc.), información topológica (forma, tamaño, ramificación molecular), propiedades fisicoquímicas (hidrofilicidad/hidrofobicidad, polarizabilidad, etc.), o descriptores dependientes de la conformación molecular.
Filtrado de compuestos químicos en función de reglas prefijadas
En los estadios iniciales de los proyectos de química médica es frecuente que se determinen ciertas reglas estandarizadas como las conocidas “reglas de Lipinski” para la selección de compuestos “drug-like”, las “reglas de Oprea” para la selección de compuestos “lead-like” o la “regla de tres” para la selección de fragmentos. En ProtoQSAR disponemos de los medios para calcular parámetros tales como el peso molecular, el número de dadores/aceptores de protones, el cLogP, el número de “rotatable bonds”, “polar surface area” (PSA), etc., que permiten clasificar compuestos en función de dichas reglas.
Análisis de similaridad y/o diversidad químicas
En ProtoQSAR podemos caracterizar las moléculas mediante el uso de descriptores moleculares como las “llaves MACCS” y algoritmos estándar como el coeficiente de Tanimoto, así como seleccionar subsets de compuestos en función de su similaridad/diversidad estructurales.
Alineamiento de pequeñas moléculas
Superposiciones 3D de ligandos potenciales y ligandos conocidos, tras un muestreo conformacional de ambos tipos de estructuras, de manera a deducir requerimientos estructurales para una determinada actividad biológica.
QSAR
Construcción de modelos matemáticos relacionando la estructura “in silico” de moléculas con una propiedad o actividad biológica, mediante el uso de herramientas estadísticas. Una vez una correlación ha sido establecida, puede utilizarse posteriormente para predecir la propiedad o efecto biológico de nuevas estructuras.
Predicción por similitud química (“read-across” o “neighborhood behavior”)
Cuando no hay datos suficientes para construir modelos QSAR, alternativas más simples como el “read-across” son posibles. Este método se basa en el conocido principio de «similitud química»: los productos químicos con características estructurales comunes mostrarán propiedades físico-químicas y biológicas similares. Así, las sustancias que comparten similitudes estructurales pueden agruparse en una categoría química y una vez que se ha establecido un grupo, es posible utilizar la información de los miembros ricos en datos paracompletar la de elementos vacíos de datos.
Prueba nuestra plataforma computacional de predicción para compuestos químicos
ProtoPRED utiliza modelos QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationships) propios. Estos modelos se aplican ampliamente en diferentes sectores, como el sector cosmético, el farmacéutico o el químico, para predecir un amplio espectro de propiedades de interés industrial y regulatorio.
Preguntas frecuentes
¿Qué servicios ofrece ProtoQSAR?
ProtoQSAR es una empresa especializada en modelos QSAR y predicciones toxicológicas in silico para apoyo regulatorio (REACH, CLP, ICH, K-REACH, etc.). Ofrecemos estudios personalizados (QSAR, SAR, read-across, priorización de compuestos…) y ProtoPRED®, nuestra plataforma de predicción molecular con más de 60 modelos de toxicidad, propiedades fisicoquímicas, ecotoxicidad y ADME.
Trabajamos con compañías de los sectores farmacéutico, químico, cosmético, agroquímico y consultoras regulatorias. También impartimos cursos prácticos en QSAR y normativa regulatoria.
¿Cuánto tiempo se tarda en obtener los resultados?
Con ProtoPRED®, las predicciones son instantáneas. En estudios a medida, el plazo depende del nº de compuestos y del alcance y suele oscilar entre semanas y hasta ~2 meses. Al finalizar los estudios ofrecemos informes listos para ser entregados a los organismos regulatorios (QPRF).
¿Qué software utiliza ProtoQSAR para desarrollar sus modelos?
Usamos modelos QSAR propios integrados en ProtoPRED®, nuestra plataforma de predicción molecular con más de 60 modelos de toxicidad, propiedades fisicoquímicas, ecotoxicidad y ADME.
En estudios a medida, recurrimos a herramientas de terceros como QSAR Toolbox y VEGA cuando no existe un modelo interno equivalente en ProtoPRED, garantizando la aceptabilidad por parte de los organismos regulatorios.
¿Se aceptan los modelos QSAR de ProtoQSAR en REACH, CLP, ICH u otras normativas?
Sí, nuestros modelos siguen las directrices de la OECD y se documentan con QMRF y QPRF por predicción, lo que facilita la aceptación regulatoria, disminuyendo la necesidad de ensayos experimentales.
Además, contamos con ejemplos de aceptación regulatoria de nuestros modelos por parte de distintas autoridades.
¿ProtoQSAR participa en proyectos colaborativos?
Sí, colaboramos en consorcios europeos (HORIZON, IHI…), nacionales (Torres Quevedo, NANOTECH…) y convocatorias regionales (IVACE, AVI…).
En ProtoQSAR, junto a Moldrug y ProtoQSAR Italy (nuestras empresas asociadas), buscamos socios industriales y académicos.
¿Tienes alguna propuesta? Escríbenos a bd@protoqsar.com.
¿Cuánto cuesta hacer una predicción con ProtoPRED o un estudio a medida?
ProtoPRED® funciona con un sistema de tokens y ofrece descuentos por volumen: cuantos más tokens se adquieren, menor es el coste por predicción. También disponemos de licencias anuales para equipos que utilizan la herramienta de forma intensiva, la licencia sale rentable a partir de 200 predicciones anuales.
En el caso de estudios a medida, el precio depende del nº de compuestos, los endpoints implicados y el nivel de documentación regulatoria requerido.
→ Solicitar opciones de precios de ProtoPRED / Solicitar presupuesto para un estudio a medida
¿Ofrecéis soporte científico y acompañamiento regulatorio?
Sí. Además de generar modelos y predicciones QSAR, ofrecemos soporte científico y regulatorio: diseño de la estrategia in silico, validación e interpretación de resultados y elaboración/revisión de QMRF y QPRF para que las predicciones estén adaptadas a las guías de la OCDE y/o a los marcos legales aplicables para estar conforme con los requisitos de las autoridades.
Nuestro equipo de regulatoria estará encantado de ayudarte. Escríbenos a regulatory@protoqsar.com.
¿Cómo se gestiona la confidencialidad y la protección de datos?
En ProtoPRED®, la privacidad y protección de datos están integradas en tu cuenta. Desde la página de usuario (Reports data) puedes activar Data Privacy para borrar de forma irreversible todos los resultados de tu predicción, conservando únicamente el modelo utilizado y la fecha.
También ofrecemos la posibilidad de firmar un NDA (acuerdo de confidencialidad) que garantiza la seguridad de la información, el cumplimiento de privacidad y la protección de datos.
Contacta con nosotros y nuestro equipo te asesorará en todo lo que necesites
Estamos aquí para ayudarte. No dudes en ponerte en contacto con nosotros para recibir asesoramiento personalizado y resolver cualquier duda que tengas. Nuestro equipo está disponible para ofrecerte la mejor atención.
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