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Química-informática

Las técnicas computacionales basadas exclusivamente en el conocimiento
de los compuestos con una determinada actividad, fundamentalmente sus
estructuras químicas, y que nos sirven básicamente para el desarrollo de
modelos quimio-informáticos, son las siguientes:

Cálculo de descriptores moleculares

Llamamos así a valores numéricos asociados a las características estructurales de compuestos químicos, de manera que conjuntos diferentes de estos descriptores codifican información química diferente. En ProtoQSAR podemos calcular más de un millar de estos índices, cubriendo datos estructurales simples (número de átomos, enlaces, anillos, etc.), información topológica (forma, tamaño, ramificación molecular), propiedades fisicoquímicas (hidrofilicidad/hidrofobicidad, polarizabilidad, etc.), o descriptores dependientes de la conformación molecular.

Filtrado de compuestos químicos en función de reglas prefijadas:

En los estadios iniciales de los proyectos de química médica es frecuente que se determinen ciertas reglas estandarizadas como las conocidas “reglas de Lipinski” para la selección de compuestos “drug-like”, las “reglas de Oprea” para la selección de compuestos “lead-like” o la “regla de tres” para la selección de fragmentos. En ProtoQSAR disponemos de los medios para calcular parámetros tales como el peso molecular, el número de dadores/aceptores de protones, el cLogP, el número de “rotatable bonds”, “polar surface area” (PSA), etc., que permiten clasificar compuestos en función de dichas reglas.

Análisis de similaridad y/o diversidad químicas

En ProtoQSAR podemos caracterizar las moléculas mediante el uso de descriptores moleculares como las “llaves MACCS” y algoritmos estándar como el coeficiente de Tanimoto, así como seleccionar subsets de compuestos en función de su similaridad/diversidad estructurales.

Alineamiento de pequeñas moléculas

Superposiciones 3D de ligandos potenciales y ligandos conocidos, tras un muestreo conformacional de ambos tipos de estructuras, de manera a deducir requerimientos estructurales para una determinada actividad biológica.

QSAR

Construcción de modelos matemáticos relacionando la estructura “in silico” de moléculas con una propiedad o actividad biológica, mediante el uso de herramientas estadísticas. Una vez una correlación ha sido establecida, puede utilizarse posteriormente para predecir la propiedad o efecto biológico de nuevas estructuras.

Predicción por similitud química (“read-across” o “neighborhood behavior”)

Cuando no hay datos suficientes para construir modelos QSAR, alternativas más simples como el “read-across” son posibles. Este método se basa en el conocido principio de «similitud química»: los productos químicos con características estructurales comunes mostrarán propiedades físico-químicas y biológicas similares. Así, las sustancias que comparten similitudes estructurales pueden agruparse en una categoría química y una vez que se ha establecido un grupo, es posible utilizar la información de los miembros ricos en datos paracompletar la de elementos vacíos de datos.

Prueba nuestra plataforma computacional de predicción para compuestos químicos

ProtoPRED utiliza modelos QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationships) propios. Estos modelos se aplican ampliamente en diferentes sectores, como el sector cosmético, el farmacéutico o el químico, para predecir un amplio espectro de propiedades de interés industrial y regulatorio.

Toxicología computacional

Evaluación computacional de todas las propiedades requeridas por las diferentes reglamentaciones vigentes.

Diseño y optimización

"Drug discovery", cribado virtual, reposicionamiento de fármacos, predicción de propiedades ADME-T, etc.

Formación

Cursos de formación sobre la aplicación y desarrollo de nuestras técnicas

Proyectos colaborativos

Participamos en proyectos sobre REACH, biocidas, nanomateriales, disruptores endocrinos, etc.

Preguntas frecuentes

¿ProtoQSAR es una consultoría que propone sus servicios, o vende también software para la realización “in house” de nuestros propios modelos?

ProtoQSAR es una empresa que realiza estudios para sus clientes y colaboradores, no vendemos programas de simulación molecular, ni tampoco nuestros modelos QSAR. Prestamos nuestros servicios a grupos y entidades que en su mayor parte no tienen una formación específica en química-informática y modelización molecular, o es muy limitada, y pensamos que podemos aportar un mayor valor añadido aportando nuestra “expertise”.

¿Cuánto tiempo tarda un cliente en obtener los resultados de su proyecto?

Los proyectos en los que trabajamos son muy distintos entre sí, y previamente a su realización hacemos una evaluación del tiempo que razonablemente podemos tardar en su ejecución. La gran ventaja de los estudios computacionales frente a los ensayos experimentales es que podemos obtener resultados en un plazo muchísimo menor. Así por ejemplo, la predicción del perfil de un compuesto por métodos QSAR es muy rápida (pocos días), dado que ya disponemos de los modelos para su evaluación. El cribado virtual de una base de datos para buscar un candidato frente a un “target” determinado puede representar 1 semana a 2 meses, dependiendo del número de compuestos químicos que se deseen filtrar (unos pocos miles o cientos de miles).

¿Puedo proponer un proyecto colaborativo a ProtoQSAR? ¿Cómo?

En ProtoQSAR estamos muy interesados en el desarrollo de nuevos proyectos colaborativos en los que la química-informática y la modelización molecular puedan aportar un servicio añadido a nuestros colaboradores. Si Vd. tiene alguna idea o propuesta que plantearnos, puede contactar con nosotros explicando su propuesta, y en un plazo muy breve le contestaremos.

¿Cuánto cuestan los servicios de ProtoQSAR? ¿Cómo se estiman los costes?

Los costes varían fundamentalmente en función del tipo de servicio que prestemos y del tiempo que dediquemos. Dado que la computación permite obtener resultados en un tiempo mucho menor que con los ensayos experimentales, nuestros servicios son también mucho más económicos.

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