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ARTÍCULOS CIENTÍFICOS

El equipo de ProtoQSAR ha publicado más de 100 artículos en revistas científicas de alto impacto. A continuación, presentamos una selección de nuestros artículos recientes. Para obtener una copia o más información, ¡contacta con nosotros!

Gozalbes R, De Julián-Ortiz JV. “Applications of Chemoinformatics in Predictive Toxicology for Regulatory Purposes, Especially in the Context of the EU REACH Legislation”. International Journal of Quantitative Structure-Property Relationships

2018, 3. 1-24

Gómez-Ganau S, De Julián-Ortiz JV, Gozalbes R. “Recent advances in computational approaches for designing potential anti-alzheimer’s agents”. Springer Book “Computational Modeling of Drugs Against Alzheimer’s Disease”.  (Series: Neuromethods, Kunal Roy (ed.), Vol. 132, ISBN 978-1-4939-7404-7).

2018, Chapter 2, Pages 25-59

De Julián-Ortiz JV, Gozalbes R, Besalú E. “Discriminating drug-like compounds by partition trees with quantum similarity indices and graph invariants”

Curr Pharm Des. 2016, 22, 5179-5195

Goya-Jorge E, Rayar AM, Barigye SJ, Jorge Rodríguez ME, Sylla-Iyarreta Veitía M. «Development of an in silico model of DPPH• Free radical scavenging capacity: prediction of antioxidant activity of coumarin type compounds.

Int J Mol Sci. 2016,17, pii: E881

De Julián-Ortiz JV, Verdejo B, Polo V, Besalú E, García-España E. “Molecular rearrangement of an aza-scorpiand macrocycle induced by pH: a computational study”.

Int J Mol Sci. 2016, 17, pii: E1131

Herrero A, Pinto A, Colón-Bolea P, Casar B, Jones M, Agudo-Ibáñez L, Vidal R, Tenbaum SP, Nuciforo P, Valdizán EM, Horvath Z, Orfi L, Pineda-Lucena A, Bony E, Keri G, Rivas G, Pazos A, Gozalbes R, Palmer HG, Hurlstone A, Crespo P. “Small Molecule Inhibition of ERK Dimerization Prevents Tumorigenesis by RAS-ERK Pathway Oncogenes”

Cancer Cell. 2015, 28, 170-182

De Julian-Ortiz JV, Zanni R, Galvez-Llompart M, Garcia-Domenech R. “The prediction of human intestinal absorption based on the molecular structure”. Curr Drug Metab.

2014, 15, 380-388

Gozalbes R, Mosulén S, Carbajo RJ, Pineda-Lucena, A. “Hit identification of novel heparanase inhibitors by structure- and ligand-based approaches”. Bioorg Med Chem

2013, 21, 1944-1951

García-Domenech R, Zanni R, Galvez-Llompart M, de Julián-Ortiz JV. “Modeling anti-allergic natural compounds by molecular topology”. Comb Chem High Throughput Screen

2013, 16, 628-635

Bushuev Y, Sastre G, de Julián-Ortiz, Gálvez J. «Water-hydrophobic zeolite systems». J. Phys. Chem. C

2012, 116, 24916-24929

Gozalbes R, Pineda-Lucena A. «Small molecule databases and chemical descriptors useful in chemoinformatics: an overview». Comb Chem High Throughput Screen

2011, 14, 548-558

Gozalbes R, Jacewicz M, Annand R, Tsaioun K, Pineda-Lucena A. «QSAR-based permeability model for drug-like compounds». Bioorg Med Chem

2011, 19, 2615-2624

Gozalbes R, Pineda-Lucena A. «QSAR-based solubility model for drug-like compounds». Bioorg Med Chem

2010, 18, 7078-7084

Bushuev Y, Sastre G, de Julián-Ortiz JV. «The structural directing role of water and hydroxyl groups in the synthesis of beta zeolite polymorphs». J. Phys. Chem. C

2010, 114, 345–56

Valencia L, Bastida R, García-España E, de Julián-Ortiz JV, Llinares JM, Macias A, Pérez-Lourido, P. «Nitrate encapsulation within the cavity of polyazapyridinophane. Considerations on nitrate-pyridine interactions». Crystal Growth & Design

2010, 10, 3418–23

Gozalbes R, Carbajo RJ, Pineda-Lucena A. «Contributions of computational chemistry and biophysical techniques to fragment-based drug discovery». Curr Med Chem

2010, 17, 1769-1794

Gozalbes R, Mosulén S, Carbajo RJ, Pineda-Lucena A. «Development and NMR validation of minimal pharmacophore hypotheses for the generation of fragment libraries enriched in heparanase inhibitors». J Comput Aided Mol Des

2009, 23, 555-569

Gozalbes R, Barbosa F, Nicolaï E, Horvath D, Froloff N. «Development and validation of a pharmacophore-based QSAR model for the prediction of CNS activity». ChemMedChem

2009, 4, 204-209

García-Domenech R, Gálvez J, de Julián-Ortiz JV, Pogliani L.»Some new trends in chemical graph theory». Chem Rev

2008, 108, 1127-1169

Marrero-Ponce Y, Meneses-Marcel A, Rivera-Borroto OM, García-Domenech R, de Julián-Ortiz JV, Montero A, Escario JA, Barrio AG, Pereira DM, Nogal JJ, Grau R, Torrens F, Vogel C, Arán VJ. «Bond-based linear indices in QSAR: computational discovery of novel anti-trichomonal compounds». J Comput Aided Mol Des

2008, 22, 523-540

Gozalbes R, Simon L, Froloff N, Sartori E, Monteils C, Baudelle R. «Development and experimental validation of a docking strategy for the generation of kinase-targeted libraries»  J Med Chem

2008, 51, 3124-3132

Mahmoudi N, de Julián-Ortiz JV, Ciceron L, Gálvez J, Mazier D, Danis M, Derouin F, García-Domenech R. «Identification of new antimalarial drugs by linear discriminant analysis and topological virtual screening». J Antimicrob Chemother

2006, 57, 489-497

García-Domenech R, de Julián-Ortiz JV, Besalú E. «True prediction of lowest observed adverse effect levels». Mol Div

2006, 10, 159-168

Llácer M, Gálvez J, García-Domenech R, Gómez-Lechón MJ, Más-Arcas C, de Julián-Ortiz JV. «Topologicalvirtual screening and pharmacological test of novel cytostatic drugs». Internet Electron J Mol Des

2006, 5, 306-319

Anquetin G, Greiner J, Mahmoudi N, Santillana-Hayat M, Gozalbes R, Farhati K, Derouin F, Aubry A, Cambau E, Vierling P. «Design, synthesis and activity against Toxoplasma gondii, Plasmodium spp., and Mycobacterium tuberculosis of new 6-fluoroquinolones». Eur J Med Chem

2006, 41, 1478-1493

Mao B, Gozalbes R, Barbosa F, Migeon J, Merrick S, Kamm K, Wong E, Costales C, Shi W, Wu C, Froloff N. «QSAR modeling of in vitro inhibition of cytochrome P450 3A4». J Chem Inf Model

2006, 46, 2125-2134

De Julián-Ortiz JV, Besalú E. «Internal Test Sets Studies in a Group of Antimalarials». Int J. Mol Sci

2006, 456-468

Pla-Quintana A, Roglans A, de Julián-Ortiz JV, Moreno-Mañas M, Parella T, Benet-Buchholz J, Solans X. «Structural analysis of chiral complexes of palladium(o) with 15-membered triolefinic macrocyclic ligands». Chem – Eur J

2005, 11, 2689–2697

Rolland C, Gozalbes R, Nicolaï E, Paugam MF, Coussy L, Barbosa F, Horvath D, Revah F. «G-protein-coupledreceptor affinity prediction based on the use of a profiling dataset: QSAR design, synthesis, and experimental validation». J Med Chem

2005, 48, 6563-6574

Preguntas frecuentes

¿ProtoQSAR es una consultoría que propone sus servicios, o vende también software para la realización “in house” de nuestros propios modelos?

ProtoQSAR es una empresa que realiza estudios para sus clientes y colaboradores, no vendemos programas de simulación molecular, ni tampoco nuestros modelos QSAR. Prestamos nuestros servicios a grupos y entidades que en su mayor parte no tienen una formación específica en química-informática y modelización molecular, o es muy limitada, y pensamos que podemos aportar un mayor valor añadido aportando nuestra “expertise”.

¿Cuánto tiempo tarda un cliente en obtener los resultados de su proyecto?

Los proyectos en los que trabajamos son muy distintos entre sí, y previamente a su realización hacemos una evaluación del tiempo que razonablemente podemos tardar en su ejecución. La gran ventaja de los estudios computacionales frente a los ensayos experimentales es que podemos obtener resultados en un plazo muchísimo menor. Así por ejemplo, la predicción del perfil de un compuesto por métodos QSAR es muy rápida (pocos días), dado que ya disponemos de los modelos para su evaluación. El cribado virtual de una base de datos para buscar un candidato frente a un “target” determinado puede representar 1 semana a 2 meses, dependiendo del número de compuestos químicos que se deseen filtrar (unos pocos miles o cientos de miles).

¿Puedo proponer un proyecto colaborativo a ProtoQSAR? ¿Cómo?

En ProtoQSAR estamos muy interesados en el desarrollo de nuevos proyectos colaborativos en los que la química-informática y la modelización molecular puedan aportar un servicio añadido a nuestros colaboradores. Si Vd. tiene alguna idea o propuesta que plantearnos, puede contactar con nosotros explicando su propuesta, y en un plazo muy breve le contestaremos.

¿Cuánto cuestan los servicios de ProtoQSAR? ¿Cómo se estiman los costes?

Los costes varían fundamentalmente en función del tipo de servicio que prestemos y del tiempo que dediquemos. Dado que la computación permite obtener resultados en un tiempo mucho menor que con los ensayos experimentales, nuestros servicios son también mucho más económicos.

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