Modelización molecular
Las técnicas computacionales basadas en el conocimiento de la estructura tridimensional de un receptor o diana terapéutica que aplicamos en ProtoQSAR son:
HOMOLOGY MODELING
Construcción de modelos 3D de dianas terapéuticas a partir de su secuencia aminoacídica y de las secuencias de estructuras tridimensionales determinadas experimentalmente de uno o varias proteínas homólogas relacionadas.
FARMACÓFOROS
Modelización farmacofórica
Los farmacóforos se definen como el conjunto de características estéricas y electrónicas de las moléculas que son necesarias para asegurar las interacciones supramoleculares óptimas con un target biológico específico para activar (o bloquear) una respuesta biológica. En ProtoQSAR desarrollamos hipótesis farmacofóricas basadas en la estructura de ligandos o receptores, y con ellas hacemos un cribado de nuestras bases de datos computacionales de manera a encontrar candidatos con las características químicas que mejor se acoplan a dichas hipótesis.
DOCKING
Acoplamiento molecular
Determinación computacional de la conformación óptima y la orientación preferidas por una molécula (generalmente una molécula pequeña que se considera candidata) para unirse a una proteína receptora y generar un complejo estable en el que la energía libre del sistema completo se ve minimizada.
SIMULACIÓN COMPUTACIONAL
Dinámica molecular
Simulación computacional de las interacciones moleculares durante cortos periodos de tiempo, que permite tener una visión aproximada del movimiento de proteínas y biomoléculas durante su interacción.
VIRTUAL SCREENING
Cribado virtual
Aplicación de los modelos computacionales (farmacofóricos o de docking) a colecciones de estructuras de moléculas para la identificación de aquellas que tienen una mayor probabilidad de ser activas. Las colecciones moleculares pueden ser de compuestos pertenecientes al cliente, quimiotecas comerciales, o incluso quimiotecas “virtuales” (p. ej. de estructuras novedosas que aún no han sido sintetizadas). En cualquier caso dichas colecciones pueden estar formadas por un número muy variable de estructuras, desde unas pocas decenas hasta miles o millones de ellas, gracias a la rapidez de los análisis computacionales.
Preguntas frecuentes
¿Qué servicios ofrece ProtoQSAR?
ProtoQSAR es una empresa especializada en modelos QSAR y predicciones toxicológicas in silico para apoyo regulatorio (REACH, CLP, ICH, K-REACH, etc.). Ofrecemos estudios personalizados (QSAR, SAR, read-across, priorización de compuestos…) y ProtoPRED®, nuestra plataforma de predicción molecular con más de 60 modelos de toxicidad, propiedades fisicoquímicas, ecotoxicidad y ADME.
Trabajamos con compañías de los sectores farmacéutico, químico, cosmético, agroquímico y consultoras regulatorias. También impartimos cursos prácticos en QSAR y normativa regulatoria.
¿Cuánto tiempo se tarda en obtener los resultados?
Con ProtoPRED®, las predicciones son instantáneas. En estudios a medida, el plazo depende del nº de compuestos y del alcance y suele oscilar entre semanas y hasta ~2 meses. Al finalizar los estudios ofrecemos informes listos para ser entregados a los organismos regulatorios (QPRF).
¿Qué software utiliza ProtoQSAR para desarrollar sus modelos?
Usamos modelos QSAR propios integrados en ProtoPRED®, nuestra plataforma de predicción molecular con más de 60 modelos de toxicidad, propiedades fisicoquímicas, ecotoxicidad y ADME.
En estudios a medida, recurrimos a herramientas de terceros como QSAR Toolbox y VEGA cuando no existe un modelo interno equivalente en ProtoPRED, garantizando la aceptabilidad por parte de los organismos regulatorios.
¿Se aceptan los modelos QSAR de ProtoQSAR en REACH, CLP, ICH u otras normativas?
Sí, nuestros modelos siguen las directrices de la OECD y se documentan con QMRF y QPRF por predicción, lo que facilita la aceptación regulatoria, disminuyendo la necesidad de ensayos experimentales.
Además, contamos con ejemplos de aceptación regulatoria de nuestros modelos por parte de distintas autoridades.
¿ProtoQSAR participa en proyectos colaborativos?
Sí, colaboramos en consorcios europeos (HORIZON, IHI…), nacionales (Torres Quevedo, NANOTECH…) y convocatorias regionales (IVACE, AVI…).
En ProtoQSAR, junto a Moldrug y ProtoQSAR Italy (nuestras empresas asociadas), buscamos socios industriales y académicos.
¿Tienes alguna propuesta? Escríbenos a bd@protoqsar.com.
¿Cuánto cuesta hacer una predicción con ProtoPRED o un estudio a medida?
ProtoPRED® funciona con un sistema de tokens y ofrece descuentos por volumen: cuantos más tokens se adquieren, menor es el coste por predicción. También disponemos de licencias anuales para equipos que utilizan la herramienta de forma intensiva, la licencia sale rentable a partir de 200 predicciones anuales.
En el caso de estudios a medida, el precio depende del nº de compuestos, los endpoints implicados y el nivel de documentación regulatoria requerido.
→ Solicitar opciones de precios de ProtoPRED / Solicitar presupuesto para un estudio a medida
¿Ofrecéis soporte científico y acompañamiento regulatorio?
Sí. Además de generar modelos y predicciones QSAR, ofrecemos soporte científico y regulatorio: diseño de la estrategia in silico, validación e interpretación de resultados y elaboración/revisión de QMRF y QPRF para que las predicciones estén adaptadas a las guías de la OCDE y/o a los marcos legales aplicables para estar conforme con los requisitos de las autoridades.
Nuestro equipo de regulatoria estará encantado de ayudarte. Escríbenos a regulatory@protoqsar.com.
¿Cómo se gestiona la confidencialidad y la protección de datos?
En ProtoPRED®, la privacidad y protección de datos están integradas en tu cuenta. Desde la página de usuario (Reports data) puedes activar Data Privacy para borrar de forma irreversible todos los resultados de tu predicción, conservando únicamente el modelo utilizado y la fecha.
También ofrecemos la posibilidad de firmar un NDA (acuerdo de confidencialidad) que garantiza la seguridad de la información, el cumplimiento de privacidad y la protección de datos.
Contacta con nosotros y nuestro equipo te asesorará en todo lo que necesites
Estamos aquí para ayudarte. No dudes en ponerte en contacto con nosotros para recibir asesoramiento personalizado y resolver cualquier duda que tengas. Nuestro equipo está disponible para ofrecerte la mejor atención.
Dirección
Parque Tecnológico de Paterna
Carrer de Nicolau Copèrnic 6,
1er Piso, Oficina 8
46980 Paterna (Valencia)
