Español
English
Preguntas frecuentes
En esta sección vamos añadiendo progresivamente las cuestiones que nuestros colaboradores y clientes nos transmiten con relación a nuestros métodos y modelos predictivos.
¿ProtoQSAR es una consultoría que propone sus servicios, o vende también software para la realización “in house” de nuestros propios modelos?
ProtoQSAR es una empresa que realiza estudios para sus clientes y colaboradores, no vendemos programas de simulación molecular, ni tampoco nuestros modelos QSAR. Prestamos nuestros servicios a grupos y entidades que en su mayor parte no tienen una formación específica en química-informática y modelización molecular, o es muy limitada, y pensamos que podemos aportar un mayor valor añadido aportando nuestra “expertise”.
¿Cuánto tiempo tarda un cliente en obtener los resultados de su proyecto?
Los proyectos en los que trabajamos son muy distintos entre sí, y previamente a su realización hacemos una evaluación del tiempo que razonablemente podemos tardar en su ejecución. La gran ventaja de los estudios computacionales frente a los ensayos experimentales es que podemos obtener resultados en un plazo muchísimo menor. Así por ejemplo, la predicción del perfil de un compuesto por métodos QSAR es muy rápida (pocos días), dado que ya disponemos de los modelos para su evaluación. El cribado virtual de una base de datos para buscar un candidato frente a un “target” determinado puede representar 1 semana a 2 meses, dependiendo del número de compuestos químicos que se deseen filtrar (unos pocos miles o cientos de miles).
¿Puedo proponer un proyecto colaborativo a ProtoQSAR? ¿Cómo?
En ProtoQSAR estamos muy interesados en el desarrollo de nuevos proyectos colaborativos en los que la química-informática y la modelización molecular puedan aportar un servicio añadido a nuestros colaboradores. Si Vd. tiene alguna idea o propuesta que plantearnos, puede contactar con nosotros explicando su propuesta, y en un plazo muy breve le contestaremos.
¿Cuánto cuestan los servicios de ProtoQSAR? ¿Cómo se estiman los costes?
Los costes varían fundamentalmente en función del tipo de servicio que prestemos y del tiempo que dediquemos. Dado que la computación permite obtener resultados en un tiempo mucho menor que con los ensayos experimentales, nuestros servicios son también mucho más económicos.
Diseño computacional
¿Qué software utiliza ProtoQSAR para el desarrollo de sus modelos?
En ProtoQSAR trabajamos con toda la paleta de técnicas de modelización molecular y química-informática, y por tanto poseemos todos los programas necesarios para su desarrollo y aplicación. Utilizamos programas perfectamente estandarizados y bien referenciados en la literatura científica, y en ocasiones realizamos nuestros propios desarrollos de software para necesidades puntuales. En cualquier caso, dichos desarrollos permanecen propiedad de ProtoQSAR, y no están a la venta.
¿Qué grado de confianza tienen los modelos computacionales?
Los estudios computacionales no son una “ciencia exacta” y tienen implícitamente un cierto grado de incertidumbre, como lo tienen también en mayor o menor medida los ensayos experimentales, tanto “in vitro” como “in vivo”. Realizamos nuestros estudios siguiendo las pautas de calidad científicamente reconocidas, y nuestra amplia experiencia (demostrable a través de nuestras publicaciones científicas y técnicas) hace que nuestros estudios tengan la mayor eficacia predictiva posible. Además, antes de realizar un estudio informamos a nuestros clientes de las expectativas de resultados que podemos esperar, y en el momento de proveer los resultados aportamos asimismo nuestra evaluación de expertos e informamos de las limitaciones que los modelos puedan potencialmente tener.
¿Cuánto tiempo se necesita para hacer un cribado virtual? ¿Y cuántos compuestos pueden filtrarse?
Ambas cuestiones están ligadas: el tiempo de ejecución de un cribado virtual depende esencialmente del número de compuestos que se criban. Por dar un orden de idea, un modelo QSAR ya desarrollado permite evaluar decenas de miles de compuestos en un solo día. Los cribados por docking (en una diana terapéutica o “target” con estructura 3D conocida) requieren un tiempo mayor, pero también podemos evaluar miles de compuestos en muy pocos días.
Aplicación regulatoria de modelos QSAR y read-accross
¿Se pueden aplicar los modelos computacionales a nivel regulatorio?
Los modelos computacionales no sólo son aplicables a nivel regulatorio, sino que cada vez más las propias normativas internacionales los incentivan más. Así por ejemplo, en el caso de REACH la propia ECHA solicita sistemáticamente a las empresas que proponen ensayos con vertebrados que demuestren que han considerado plenamente el uso de métodos alternativos antes de concluir que es necesario un nuevo ensayo.
¿Pueden los modelos computacionales reemplazar los ensayos experimentales que me obliga a hacer la legislación (p. ej. REACH)?
En determinados casos sí, especialmente cuando se trata de compuestos para los cuales ya existe información bibliográfica, o compuestos de origen natural que se presuponen inocuos. En otros casos nuestros estudios no necesariamente permiten sustituir completamente los ensayos experimentales, pero generalmente sí es posible reducirlos (y por tanto reducir el tiempo y los costes), y además favorecen la credibilidad de la empresa ante las autoridades, al presentar un dossier mucho más completo en el que se incluye la consideración de los métodos alternativos.
¿Qué tipo de modelo necesito para el registro/autorización de mi sustancia, QSAR o read-accross?
El tipo de evaluación necesaria depende de la información de partida y de la sustancia que se tiene que evaluar. En principio los modelos QSAR son más fiables y robustos técnicamente, pero no siempre se pueden utilizar (por ejemplo si el compuesto a evaluar no entra dentro del dominio de aplicabilidad de los compuestos que han servido para generar los modelos), y en ese caso se puede recurrir al read-accross, que tiene la misma validez a nivel regulatoria cuando se ejecuta correctamente por un profesional experimentado.
¿Qué es el dominio de aplicabilidad? ¿Cómo afecta a la predicción de mi sustancia a nivel regulatorio?
Se entiende por dominio de aplicabilidad el “espacio químico” al cual pertenece un compuesto determinado con relación a los compuestos que han servido de base para desarrollar un modelo QSAR. Uno de los parámetros requeridos por la OCDE (y por tanto determinante desde un punto de vista normativo) a la hora de determinar si un QSAR es válido sobre un compuesto determinado es la caracterización de dicho espacio.
¿Cómo se validan los modelos QSAR? ¿Qué grado de confianza tienen los modelos QSAR?
Todos nuestros modelos son sometidos además a una doble validación, interna y externa, y cuando ello es posible realizamos una validación experimental con estructuras independientes pertenecientes al mismo espacio químico o “dominio de aplicabilidad”.